Septembrikuu keskmine õhutemperatuur tuleb keskmisest ehk 10,3–13,1 kraadist veidi kõrgem. Kõige soojem on kuu esimene kolmandik ja pisut soojemaks kujunevad tõenäoliselt ka kuu järgmised kümme päeva. Septembrikuu viimane kolmandik võib aga tavapärasest veidi jahedam tulla.

Kuu sademete summa tuleb Eesti keskmisena normilähedane ehk vahemikus 56–74 millimeetrit, kuid jaotuda võivad sademed ebaühtlaselt. Mõni paik saab tavapärasest enam vihma, mille tõenäosus on suurem läänepoolsetes maakondades. Samal ajal ei tarvitse vihm nii sagedasti idapoolsetesse maakondadesse jõuda ning seal võib sajuhulk keskmisest väiksemaks kujuneda.

Kuu esimesel poolel jääb Eesti kõrg- ja madalrõhuala piirimaile ning vihma sajab kohati – kord on sajuhooge enam lääne, kord ida pool. Madalrõhkkonna jõulisema surve korral on sadu laialdasem 8. septembri paiku.

Tuul on enamasti mõõdukas ning puhub valdavalt lõunakaarest, tugevamat lõuna- ja edelatuult võib tulla 5.-6. septembril, kui rannikul on puhanguid 15, Läänemere ääres 18 m/s. Õhutemperatuur varieerub öösiti mõne kraadi piires 10 kraadi ümber, päevasoe kerkib 20 kraadi lähedale. Suviselt soe võib aga olla 5. ja 10. september.

Kuu teise poole ilm on tõenäoliselt muutlik. Läänemere õhuruumi võivad jõuda madalrõhkkonnad, mis tõstavad tuult ja toovad laialdasemat sadu, kuid tänastel andmetel ei kujune läänevool püsivaks ning vahetevahel tugevnevad kõrgrõhkkonnad muudavad ilma taas kuivemaks.

Õhutemperatuuri foon langeb ja selgematel öödel langevad termomeetrinäidud alla 5 kraadi, kohati ka 0 kraadi ümbrusse.